答：根据《国家税务总局关于修订〈增值税专用发票使用规定〉的通知》》（国税发〔2006〕156号）规定：

一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》。主管税务机关对一般纳税人填报的《申请单》进行审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》。

根据《国家税务总局关于修订增值税专用发票使用规定的补充通知》（国税发〔2007〕18号）规定：

因开票有误购买方拒收专用发票的，销售方须在专用发票认证期限内向主管税务机关填报申请单，并在申请单上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，同时提供由购买方出具的写明拒收理由、错误具体项目以及正确内容的书面材料，主管税务机关审核确认后出具通知单。销售方凭通知单开具红字专用发票。

因开票有误等原因尚未将专用发票交付购买方的，销售方须在开具有误专用发票的次月内向主管税务机关填报申请单，并在申请单上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，同时提供由销售方出具的写明具体理由、错误具体项目以及正确内容的书面材料，主管税务机关审核确认后出具通知单。销售方凭通知单开具红字专用发票。

一般纳税人资格认定的年应税销售额标准是否包括稽查查补销售额？

答：《增值税一般纳税人资格认定管理办法》第三条规定：增值税纳税人年应税销售额超过财政部、国家税务总局规定的小规模纳税人标准的，除本办法第五条规定外，应当向主管税务机关申请一般纳税人资格认定。

根据《关于明确<增值税一般纳税人资格认定管理办法>若干条款处理意见的通知》（国税函〔2010〕139号）：认定办法第三条所称年应税销售额，包括纳税申报销售额、稽查查补销售额、纳税评估调整销售额、税务机关代开发票销售额和免税销售额。稽查查补销售额和纳税评估调整销售额计入查补税款申报当月的销售额，不计入税款所属期销售额。

因管理不善丢失已抵扣进项税额的固定资产，如何计算转出已抵扣的进项税额？ 

答：根据《财政部国家税务总局关于全国实施增值税转型改革若干问题的通知》（财税[2008]170号）规定：

纳税人已抵扣进项税额的固定资产发生增值税暂行条例第十条（一）至（三）项所列情形的，应在当月按下列公式计算不得抵扣的进项税额：
 　　不得抵扣的进项税额=固定资产净值×适用税率
 　　本通知所称固定资产净值，是指纳税人按照财务会计制度计提折旧后计算的固定资产净值。

企业被整体兼并，而转让全部产权（包括货物）是否征收增值税？

答：不征收增值税。
　　根据《国家税务总局关于转让企业全部产权不征收增值税问题的批复》（国税函【2002】420号）规定，转让企业全部产权涉及的应税货物的转让，不属于增值税的征税范围，不征收增值税。